22 сентября 1788 года — день подписания одного из важнейших в истории Ислама указов Екатерины II, который был адресован симбирскому и уфимскому генерал­губернатору О. А. Игельстрому. По этому документу следовало «учредить в Уфе духовное собрание Магометанского закона, которое имеет в ведомстве своем всех духовными чинами того закона, … исключая Таврической области». Главой нового учреждения — муфтием — был назначен русский разведчик в Центральной Азии и на Кавказе М. Хусейнов — доверенное лицо царских властей, которому было положено годовое жалование в 1 500 рублей, равное окладу тогдашнего армейского генерал­майора. В помощники к первому муфтию были определены тогда же три «заседателя», избиравшиеся из числа «казанских татар», с жалованьем по120 рублей в год.
Важнейшими задачами нового муфтията стали «испытание в вере», назначения мулл, которые должны были быть при этом «преданы» властям империи, «в верности надежные и доброго поведения», а также духовный суд по шариату, в том числе апелляции по решениям нижестоящих духовных лиц. Наиболее существенной особенностью «мусульманского духовенства», действующего на территории Оренбургского муфтията, было отсутствие в его среде жесткого принципа кастовости. Такая традиция господствовала в Крыму, где мусульманские духовные лица подбирались лишь из семей исламских знатоков шариата.
Деятельности духовного руководства Оренбургского муфтията должны были способствовать прикрепленные к нему светские лица. «Высочайше» одобренным решением Сената от 20 апреля 1789 года была создана канцелярия муфтията, в которой состояли секретарь и ряд канцелярских и прочих служителей.
Царские администраторы Юго­Востока, однако, полагали необходимым детализировать круг задач и ответственности нового мусульманского института. В декабре 1789 года на имя Екатерины II из Уфы поступил проект «Положения» о компетенции «Магометанского духовного собрания», который был представлен О. А. Игельстромом. В данном проекте определялись следующие задачи муфтията: 1) состоять под ведомством и контролем Уфимского наместнического правления и быть приравненным к «средним судебным местам»; 2) испытывать всех желающих быть муллами; 3) иметь при оных испытаниях «обывательское одобрение» личности кандидата, заверенное земским исправником; 4) вести все бумаги на «российском диалекте» с «татарским переводом»; 5) разбирать и решать дела по духовной части «магометанского закона принадлежащие» — брачные и бракоразводные, дела о поведении служителей мечетей и т. д.; 6) устроить дело так, чтобы при 100 дворах состояла 1 мечеть; 7) ввести в каждом уезде две должности ахунов (старших мулл); 8) лишить мусульманских духовных лиц и сам муфтият права присуждать мусульман к телесному наказанию; 9) усилить контроль над мусульманской школой.
Можно согласиться с уфимским исследователем Д. Д. Азаматовым в том, что Екатерина II внесла существенные изменения в присланный из Уфы проект. Так, поскольку учрежденный в 1788 году муфтият ведал делами мусульман всей России (кроме Крыма), то местная уфимская администрация могла контролировать его действия лишь по делам своей территории. Вместе с тем ряд других предложений был в определенной степени учтен: в частности, мусульманские духовные учреждения и лица были лишены права присуждать магометан к телесным наказаниям. Это могли сделать только светские власти империи. Вместе с тем постепенно юрисдикция Оренбургского муфтията расширилась: он получил право разбирать и решать семейные и наследственные дела мусульман, давать разрешение на строительство и ремонт новых мечетей и т. д.
Рядом новых указов царская администрация стремилась поощрить и укрепить деятель­ность муфтията в Уфе. Так, указом от 15 июня 1792 года его чины в пятницу, как в «празд­ничный» день соборной молитвы, были «оставлены от присутствия свободными». Важную роль сыграл указ 17 августа 1792 года, распространивший на мулл, заседающих в Орен­бургском муфтияте, нормы «Учреждения об управлениях губерниями» 1775 года, и приравнял их к членам «средних судебных мест». По данным нормам каждые три года на места старых членов Духовного собрания должны были избираться новые муллы из числа «казанских татар», естественно, при твердом убеждении в их «верности» и «добром поведении».
Особую роль во всех этих событиях становления первого муфтията на территории империи играл его глава М. Хусейнов. Отношения имперских властей разного уровня с ним складывались непросто. Петербург, судя по всему, благоволил муфтию: указами 13 августа 1790 года и 26 января 1793 года ему разрешалось увеличить свои земельные владения и число крепостных­мусульман, особенно «башкирцев». С другой стороны, будучи муфтием над всеми мусульманами империи, Хусейнов — видимо, человек гордый и независимый — никак не мог выстроить отношения с местными администраторами.
На территории, подчиненной юрисдикции Оренбургского магометанского духовного собрания (ОМДС), духовная организация конфессионального быта «магометанства» постепенно стала приобретать более или менее устойчивый характер. Год за годом формировался штат так называемых «указных мулл», то есть официально утвержденных ОМДС и светской властью служителей мусульманского культа. Данные мусульманские духовные лица были, как правило, прикреплены к определенной мечети, могли в случае необходимости получать казенное пособие, командировочные и суточные деньги, пользоваться доходами от исполнения необходимых обрядов (свадьба, заупокойная служба и т. д.), быть свободными от налогов, повинностей. Их дома освобождались от постоя и пр. Ведущую роль в отношениях с данным муфтиятом и его руководством, как и контроль на месте за жизнью мусульман Юго­Востока империи, в рассматриваемый период времени выполняла военная администрация Оренбурга. Так, первый известный нам русский указ о хадже в Мекку был адресован 23 марта 1803 года именно оренбургскому военному губернатору генералу Н. Н. Бахметову. Данный законодательный акт легализировал право выходцев из Бухары, находящихся в России, отправляться через территорию империи на паломничество в Святые места Ислама.
Таким образом, признав права мусульманской общины России на религиозную самобытность, российская власть стала более активно, чем раньше, встраивать ее в систему государственного устройства империи. Особое внимание было уделено организации государственного регулирования «сверху» религиозной жизни российского мусульманства. Главный принцип конфессиональной политики Российской империи заключался в стремлении к полному государственному контролю над всеми без исключения религиозными институтами на территории страны. Как известно, первой жертвой этой политики стала самостоятельность самой Русской православной церкви, превращенной после ликвидации патриаршества и создания в 1721 году Святейшего синода в специфическое, особое, но все же чисто государственное учреждение. Именно с этой точки зрения для большего удобства государственного надзора над жизнью российского мусульманства с конца XVIII века власти империи приступили к созданию необходимых, по их мнению, религиозных учреждений и форм организации их служителей.